Güney Doğu Avrupa Üniversitesi Makedonya’nın ilk özel üniversitelerinden biri olup, Makedonya’nın Kalkandelen şehrinde  2001 yılında kurulmuştur. Kurulduğu tarihten itibaren kısa sürede Makedonya ‘nın saygın üniversitelerinden biri haline gelmiştir. 

Güneydoğu Avrupa Üniversitesinin uyguladığı tüm programlar Makedonya Cumhuriyeti Akreditasyon Kurulu tarafından onaylanarak akredite edilmiştir. Üniversitenin YÖK tarafından tanınırlığı bulunmaktadır. Güneydoğu Avrupa Üniversitesinde Makedonca, Arnavutça ve İngilizce dillerinde eğitim verilmektedir.